Trải qua 20 năm, Maria Theresia hạ sinh 16 đứa con, 13 người trong số đó sống sót sau khi chào đời. Con lớn của bà, Maria Elisabeth (1737–1740), chào đời chưa đầy một năm sau lễ thành hôn của cha mẹ. Một lần nữa, những đứa bé gái, Maria Anna, người con gái lớn nhất sống sót, và Maria Carolina (1740–1741), trở thành nỗi thất vọng của hoàng tộc vì họ không phải là con trai. Trong khi đang bước vào cuộc chiến bảo vệ ngai vàng, Maria Theresia cuối cùng cũng sinh được một hoàng nam có tên thánh là Saint Joseph, người mà trong suốt 9 tháng thai kì bà đã cầu khấn rất nhiều, hi vọng đó sẽ là con trai. Người con được Maria Theresia yêu thương nhất, Maria Christina, chào đời vào sinh nhật thứ 25 của bà, bốn ngày trước thất bại của quân đội Áo tại Chotusitz. hơn 5 người con ra đời trong chiến tranh: Maria Elisabeth, Karl, Maria Amalia, Leopold và Maria Carolina (1748–1748). Trong thời gian này, gần như bà mang thai và sinh con liên tục; việc chiến sự và việc Hoàng hậu Maria Theresia sinh con diễn ra gần như đồng thời. Năm người con chào đời trong thời gian giữa hai cuộc chiến tranh: Chiến tranh Kế vị Áo và Chiến tranh Bảy năm: Maria Johanna, Maria Josepha, Maria Carolina, Ferdinand và Maria Antonia. Bà hạ sinh người con út, Maximilian Franz, trong thời kì Chiến tranh Bảy năm, ở tuổi 39.[111] Maria Theresia khẳng định rằng, nếu không phải do mang thai liên tục, bà đã có thể đích thân ra chiến trường.[77][112]

Mẹ của Maria Theresia, Hoàng hậu Elisabeth Christine, qua đời năm 1750. Bốn năm sau, nữ gia sư của Maria Theresia, Marie Karoline von Fuchs-Mollard cũng mất. Bà tỏ lòng biết ơn vị nữ gia sư này bằng cách an táng bà ta ở Imperial Crypt chung với các thành viên hoàng tộc nhà Habsburg[38].

Không lâu sau khi những người con nhỏ chào đời, Maria Theresia đã tính chuyện hôn sự cho những người con lớn. Bà đứng ra làm đại diện cho các cuộc hôn sự cùng với điều hành các chiến dịch và quản lý công việc quốc gia. Bà đối xử với các con bằng tình thương nhưng lại sử dụng họ như những con cờ trên ván cờ chính trị, và sẵn sàng hi sinh hạnh phúc của họ vì lợi ích của quốc gia.[32][113] Như một người mẹ tận tụy và thông thái, bà viết thư cho tất cả các con ít nhất một lần một tuần và tự tin rằng mình có quyền thể hiện uy quyền đối với các con bất kể thứ bậc và tuổi tác của họ.[114]

Sau sinh nhật thứ 50 vào tháng 5 năm 1767, Maria Theresia mắc phải bệnh đậu mùa từ người con dâu, Maria Josepha của Bavaria.[115] Bà qua khỏi, nhưng vị tân hoàng hậu thì không. Maria Theresia sau đó buộc con gái của bà, Nữ Đại Công tước Maria Josepha, cầu nguyện cùng mình trong Imperial Crypt kế bên lăng mộ của Hoàng hậu Maria Josepha. Nữ Đại Công tước bắt đầu phát bệnh đậu mùa hai ngày sau khi các đại thần đến thăm lăng mộ và cũng sớm quy tiên. Maria Carolina thay thế người chị trở thành vợ hứa hôn của vua Ferdinand IV của Naples. Maria Theresia tự trách bản thân vì cái chết của con gái trong suốt phần còn lại của cuộc đời bà, vì vào thời điểm đó, chưa có khái niệm về thời gian ủ bệnh, người ta tin rằng nguyên nhân căn bệnh của Maria Josepha là do lây từ thi thể của cố hoàng hậu.[116]

Tháng 4, 1770, con gái út của Maria Theresia, Maria Antonia kết hôn với Louis, Trữ quân nước Pháp, thông qua người đại diện ở Vienna. Maria Antonia không được giáo dục đầy đủ, và khi người Pháp đến cầu hôn, Hoàng hậu Theresia bắt đầu giáo dục cho cô con gái nhỏ này cẩn thận để cô có thể sống tốt trong triều đình Versailles. Maria Theresia gửi thư hai tuần một lần cho Maria Antonia, lúc này được gọi theo tên Pháp là [Marie Antoinette], trong đó bà thường trách cứ con gái vì quá lười biếng và sự phù phiếm và mắng cô vì không sinh được một đứa con nào.[114]

Maria Theresia không chỉ quan tâm đến Marie Antoinette, bà không thích tính dè dặt của Leopold và thường xuyên trách cứ ông vì quá nhạt nhẽo. Bà chỉ trích một cô con gái khác là Maria Carolina vì câc hoạt động chính trị, Ferdinand thiếu tổ chức, và Maria Amalia thì quá yếu tiếng Pháp và ngạo mạn. Người con duy nhất bà không la mắng thường xuyên là Maria Christina, con gái yêu của bà, mặc dù Christina không thể sinh một hậu duệ nào khỏe mạnh để Maria Theresia có thể sử dụng trong mục đích chính trị[114].

Một trong những hi vọng lớn của Maria Theresia là có nhiều cháu, nhưng đến thời điểm qua đời bà mới có khoảng 20; tất cả các cháu gái của bà đều được đặt tên giống bà, ngoại trừ Caroline xứ Parma, cô cháu gái cả của Maria Amalia.[114][117]

Con cái